Die Klimabilanz von Biokraftstoffen kann schlechter ausfallen als die von ihren fossilen Verwandten. Laut einer Studie im Auftrag des Umweltverbands Transport & Environment (T&E) führen Biokraftstoffe der ersten Generation weltweit zu 16 Prozent höheren CO2-Emissionen als der Einsatz von Diesel und Benzin aus Mineralöl, wenn man indirekte Effekte wie Entwaldung einbezieht. Der Verband verweist außerdem auf den Flächen- und Wasserbedarf: Derzeit würden etwa 32 Millionen Hektar Anbaufläche für Biokraftstoffe genutzt, bis 2030 könnten es 52 Millionen Hektar sein. Im Schnitt seien zudem fast 3.000 Liter Wasser nötig, um 100 Kilometer mit Biokraftstoff zurückzulegen.
Die sogenannte Biokraftstoffe der ersten Generation werden direkt aus Feldfrüchten wie Soja oder Raps hergestellt und sind besonders umstritten. Für die Produktion von Biosprit der zweiten Generation werden vor allem organische Abfälle und Reststoffe genutzt, so dass zumindest die Konkurrenz zur Nahrungsmittelproduktion wegfällt. Nicht unter den Begriff Biokraftstoff fallen für gewöhnlich E-Fuels, die idealerweise aus grünem Strom, CO2 und Wasserstoff generiert werden.
Alle drei synthetischen Kraftstoffarten können nach Ansicht von Befürwortern aus Politik und Fahrzeugindustrie die CO2-Emission im Verkehr mehr oder weniger stark senken helfen. Umwelt- und Klimaschützer geben sich angesichts Flächenbedarf und Verfügbarkeit weniger optimistisch.